Misi SMK Negeri 2 Pekalongan :
a.    Menyiapkan tenaga terampil yang memiliku akhlak mulia, kepribadian dan beretos kerja yang tinggi
b.    Meningkatkan kualitas tamatan yang unggul dalam prestasi
c.    Meningkatkan kualitas tamatan siap kerja
d.    Meningkatkan kualitas tamatan untuk melanjutkan pendidikan ke jenjang yang lebih tinggi
e.    Menyiapkan calon wirausahaan yang handal dan memiliki keunggulan kompetetitif.